As verrugas podem involuir espontaneamente, dentro de meses, ou persistir por anos. Nas crianças geralmente curam-se sem necessidade de medicação, entretanto, por causa do risco de disseminação do vírus para outras pessoas e o surgimento de novas lesões no próprio indivíduo pela autocontaminação, seu tratamento é recomendado. Já nos adultos, as verrugas não costumam desaparecer sem tratamento. Existem diferentes modalidades terapêuticas que levam a destruição ou remoção das lesões. Cada tipo de verruga exige um tratamento diferenciado. As verrugas anogenitais são as mais difíceis de serem tratadas, podendo ser nescessária uma combinação de tratamentos e muitas vezes cirurgias para a retirada das lesões. Por causa do risco de provocarem câncer, esse tipo deve ser tratado com muita atenção.